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本会議は議員全員で構成され、提出された議案や議会としての意見など、最終的な市議会の意思を決定する重要な役割を持っています。また、議員が市政全般等に対して市長に質問をすることができます。定期的に開かれる議会を定例会といいます。条例により年4回と決められており、2月、6月、9月、12月に開かれます。この他、必要に応じて開かれる臨時会があります。
市議会で審議される事案は非常に幅広く、全てを本会議で審議することは効率的ではないため、いくつかの分野に分けた常任委員会を設置して審査や調査を行っています。魚沼市議会では3つの常任委員会を設置しており、任期は2年です。
また、議会の運営に関する調査を行う議会運営委員会と、特定の事案を調査するための特別委員会があります。魚沼市議会は2つの特別委員会を設置しています。
全員協議会は議員全員で構成され、議案の審査や議会の運営に関する協議、調整を行うために開かれる会議です。